Počas dvoch týždňov sa viacero nových majiteľov iPhonu SE sťažuje na audio problémy spojené s rozhraním Bluetooth počas hovorov. V tom čase je iPhone spárovaný s autom alebo s bezdrôtovým headsetom a chyba sa prejaví pri hlasovej navigácií v GPS. Ale zdá sa, že streamovanie muziky v aute cez rádio je bez problémov.
Veľký počet užívateľov na Apple Support Community a MacRumors diskusných fórach hlási problémy so skresleným alebo nepočuteľnými telefonickými hovormi, keď sa jedná o hovor skrz rozhranie Bluetooth na iPhone SE. Mnoho užívateľov podotklo, že ich predchádzajúce modely iPhonov mali krištáľovo čistý zvuk. Informácie založené na davových názoroch, táto chyba zasiahla všetky iPhony SE s operačným systémom iOS 9.3 a 9.3.1 nezávisle na operátorovi alebo modelu. Taktiež chybu hlásia rôzne štáty. Taktiež sa zdá, že aktualizácia iOS 9.3.2 tento problém nerieši. Chyba sa taktiež nevyskytuje iba u jedného výrobcu vozidla. Rovnaký problém bol hlásený vo vozidlách značky Audi, BMW, Chevrolet, Chrysler, Dodge, Ford, GMC, Hyundai, Infiniti, Jeep, Kia, Mercedes-Benz, Nissan, Subaru, Toyota, Volkswagen a mnoho ďalších.
Nie je zatiaľ známe či sa jedná o problém spojený s hardvérom alebo softvérom iPhonu. Niektorí užívatelia sa pokúšali problém vyriešiť so základnými postupmi opravy ako je napríklad obnova telefónu do továrenských nastavení, obnova sieťových nastavení, odpárovanie a znovu párovanie Bluetooth zariadenia s telefónom, vypnutie mobilných dát a dokonca aj výmena SIM karty.
