Iba pár dní po tom, čo bola vydaná aktualizácia iOS 9.3, Apple zastavil ponuku aktualizácie pre staršie zariadenia ako je iPad Air, iPhone 5s a staršie, pretože sa prejavila chyba, pri ktorej nebolo možné aktivovať zariadenie. Keď bola možnosť aktualizácie stiahnutá, Apple prisľúbil, že vydá novú, ktorá už chybu obsahovať nebude. Apple splnil svoj sľub a vydal novú verziu iOS 9.3 (build 13E237), ktoré je teraz dostupná pre všetkých majiteľov vyššie uvedených zariadení. Aktualizovať svoje zariadenie môžete priamo cez zariadenie alebo pomocou iTunes.
S vydaním prvej verzie iOS 9.3, prišli aj prvé problémy. Používatelia starších zariadení mali vložiť svoje údaje Apple ID, s ktorým aktivovali iPhone po prvý krát. Ak ste nevedeli údaje, s ktorými bol iPhone prvý krát aktivovaný a nastavovaný, zariadenie vás nepustilo ďalej a tým pádom sa stalo nepoužiteľné. Aby Apple predišiel ďalším problémom, prestal podpisovať aktualizáciu pre niekoľko starších zariadení.
Následne po vydaní novej verzie aktualizácie, Apple začal opäť podpisovať iOS 9.3. Aktualizácia si tentokrát vyžiada aktuálne Apple ID údaje, s ktorými je iPad prepojený, namiesto toho aby si vypýtal Apple ID s ktorým bol prvý krát aktivovaný. V nedeľu v noci Apple vydal ešte jednu opravenú aktualizáciu, špeciálne určenú pre iPad 2 GSM verziu. Chyba pri iPade 2 bola iná. Táto chyba nedovolila iPadu komunikovať s Apple aktivačnými servermi.
