Nová inštalácia a obnova zálohy

Po pár rokoch používania mám pocit, že systém asi potrebuje „čistú“ inštaláciu. Doteraz som vždy dával klasický upgrade systému a o nič sa nestaral.
El Capitan si už ale pravidelne nepamätá Favorites záložky vo finderi, čo musím riešiť reštartom.
Po reštarte vždy doplní do Docku štandartné Apple aplikácie aj napriek tomu, že ich vždy vyhodím.
Zo share menu vyhadzuje zdielanie cez mail a kopec ďalších múch, ktoré ale neskutočne otravujú.
Vždy si zopakujem postup opravy uvedený na internete a za pár dní je to tu opäť.

Intuícia mi hovorí dať čistú inštaláciu a obnoviť zo zálohy. Len mám otázku, neobnoví zo zálohy aj všetok ten bordel, čo toto spôsobuje ?

Uvítam akúkoľvek radu skúsenejších. Obnovu zo zálohy som robil zatiaľ vždy iba pri prechode na nový počítač.

Martin