Magic Mouse nepřináší některým uživatelům pouze revoluční ovládání, ale také problémy. Již větší množství uživatelů si stěžovalo na chyby při připojení myši, které se samovolně vypíná, chyby mají uživatele také s citlivostí myši. Diskusní fórum Apple je plné hlášení o problémech s Magic Mouse.
